GemCode 您聽(tīng)說(shuō)過(guò)么？

  GemCode 是10X Genomics公司推出的一款大片段 DNA 建庫分析平臺。2015年成為十大生命科學(xué)領(lǐng)域創(chuàng )新產(chǎn)品評選排名第一的產(chǎn)品，博奧生物集團旗下子公司博奧晶典是首家引進(jìn)此平臺的公司！

為什么要發(fā)明GemCode？

   檢測大片段DNA的改變、減少基因組組裝的gap，之前主要靠第三代測序（例如PacBio）完成，但實(shí)驗成本非常高。為了能夠經(jīng)濟快速地產(chǎn)生數據，實(shí) 現SNP的大規模鑒定，研究人員不斷尋找新的工具。終于2015年2月，10X Genomics公司發(fā)布的GemCode大片段建庫平臺順勢而生。與Pacbio三代測序原理不同的是，該平臺通過(guò)對大片段引入序列標識的方法，能夠間 接實(shí)現長(cháng)片段測序。這個(gè)平臺并非單獨使用，而是與短讀取的測序儀結合使用，能輕松整合到現有的測序流程中。該平臺最流弊的是只需低至1ng 的DNA就能完成建庫和測序實(shí)驗，完成長(cháng)達幾十Mb的單體型序列分析，是疾病遺傳學(xué)研究、動(dòng)植物育種研究、基礎生物學(xué)研究等強有力的工具。

神奇GemCode的工作原理？

   GemCode使用的是膠珠微滴擴增系統，微滴由GemCode儀器產(chǎn)生，每個(gè)微滴中包含約60個(gè)長(cháng)鏈模板DNA分子（>100kb）、1個(gè)膠珠 以及DNA擴增所需的聚合酶、dNTP等。擴增的引物固定于膠珠內，每個(gè)微珠內的引物含有一種特定序列14bp barcode標簽（多達70萬(wàn)種）和illumina測序所需的序列。PCR擴增反應在微滴內進(jìn)行，來(lái)自于一個(gè)微滴的長(cháng)鏈模板產(chǎn)生的擴增產(chǎn)物帶有能識別 該微滴的特定標簽序列；而不同膠珠內的barcode標簽不同，從而追蹤發(fā)生在各微滴的擴增反應。擴增產(chǎn)物用于后續illumina建庫和測序，通過(guò) barcode序列信息追蹤來(lái)自每個(gè)大片段DNA模板的多個(gè)讀段，從而進(jìn)行單體型拼接和結構變異分析。